Republika Hrvatska ostvarila je svoju državno-pravnu neovisnost i samostalnost tijekom 1991. godine, nakon raspada SFRJ. Sveta Stolica među prvima je priznala Hrvatsku već 13. siječnja 1992. godine. Nakon toga, hrvatski episkopat izradio je prijedlog za ustanovljenje Hrvatske biskupske konferencije. Sveta je Stolica, dekretom od 15. svibnja 1993. utemeljila za katoličke biskupije na području Republike Hrvatske – Hrvatsku biskupsku konferenciju (HBK) odobrivši njezin statut.
Statut HBK obnovljen je 5. veljače 2000. godine.
Za prvog predsjednika HBK izabran je zagrebački nadbiskup i metropolita kardinal Franjo Kuharić. Službu predsjednika HBK u dva je mandata, od 1997. do 2007., obnašao zagrebački nadbiskup i metropolita kardinal Josip Bozanić.
Na plenarnom zasjedanju HBK-a u Gospiću, 18. listopada 2007., za predsjednika HBK-a izabran je tadašnji đakovačko-srijemski biskup Marin Srakić. Po završetku njegovog petogodišnjeg mandata za novog predsjednika HBK-a izabran je zadarski nadbiskup Želimir Puljić na plenarnom zasjedanju održanom u Zagrebu 14. studenoga 2012. Nadbiskup Puljić reizabran je na nov petogodišnji mandat 11. listopada 2017. Splitsko makarski nadbiskup i apostolski upravitelj Porečke i pulske biskupije Dražen Kutleša izabran je za predsjednika HBK-a 18. listopada 2022. u Zagrebu.
Hrvatsku biskupsku konferenciju čini 17 (nad)biskupija koje tvore četiri metropolije: Zagrebačku, Splitsko-makarsku, Đakovačko-osječku i Riječku te jedna samostalna Zadarska nadbiskupija i Vojni Ordinarijat.
Dekret o osnivanju Hrvatske biskupske konferencije
Nakon pažljivog razmatranja prilika koje se odnose na nekadašnju republiku Jugoslaviju, iz kojih su nastale nove samostalne republike, preuzvišeni Natpastiri ovih država jednodušno su zatražili da se ukine nekadašnja Biskupska konferencija Jugoslavije i da se uspostavi Konferencija biskupa Hrvatske; oni oblikovaše Statut (te Konferencije), prilagođujući ga prikladno odredbama Kodeksa kanonskog prava, i predložiše ga Apostolskoj Stolici na odobrenje.
Stoga Vrhovni Svećenik Ivan Pavao II, Božjom Providnošću Papa, po savjetu Kongregacije za biskupe i saslušavši Odsjek Državnog tajništva za odnose s državama, potvrdio je u skladu s odredbama prava uspostavu Konferencije biskupa Republike Hrvatske i prihvatio je njen Statut kako se nalazi u priloženom primjerku.
Spomenuti je Statut odobren “ad experimentum”
Dano u Rimu, u sjedištu Kongregacije za biskupe dana 15. svibnja, godine Gospodnje 1993.
+ Bernardin kard. Gantin, prefekt
+ Justin Rigali, tajnik