Najveće postojeće crkveno učilište u Hrvatskoj jest Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu (utemeljen 1669.) u sklopu kojega djeluju tri znanstveno – nastavna instituta:
- Institut religijskih znanosti
- Institut za za crkvenu glazbu
- Institut za teološku kulturu laika
Te četiri znantveno – istraživačka instituta:
- Institut za crkvenu povijest
- Mariološki institut
- Biblijski institut
- Institut za ekumensku teologiju i dijalog “Juraj Križanić”.
Uz to KBF ima područni studij, Teologiju u Rijeci.
Od 1999. godine djeluje Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Splitu. Na temelju međusobnih pregovora i Ugovora o suradnji na području odgoja i kulture, sklopljena između Svete Stolice i Republike Hrvatske biskupski su ordinariji Splitske metropolije, u ime tadašnje Teologije u Splitu, a provincijal Franjevačke provincije Presvetoga Otkupitelja, u ime Franjevačke teologije u Makarskoj, 30. rujna 1997., potpisali Ugovor o udruživanju i o osnivanju Katoličkoga bogoslovnog fakulteta u Splitu. Ugovor o radu KBF-a u sastavu Sveučilišta u Splitu potpisan je 9. srpnja 1999., a istoga je dana Kongregacija za katolički odgoj u Vatikanu izdala uredbu o osnivanju toga Fakulteta.
Nakon molbe dijecezanskog biskupa mons. dr. Marina Srakića 7. studenoga 2003. Kongregaciji za katolički odgoj u Rimu o pastoralnoj potrebi uzdignuća Teologije u Đakovu na razinu Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Đakovu, Kongregacija je prihvatila molbu te osnovala Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu u sastavu Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku.
Nadbiskup zagrebački, kardinal Josip Bozanić, 3. lipnja 2006. godine objavio je dekret Luce vera illuminata (“Istinskom svjetlošću obasjana”) o uspostavi Hrvatskoga katoličkog sveučilišta sa sjedištem u Zagrebu, kao prvoga katoličkog sveučilišta u Hrvatskoj, na temelju višestoljetne baštine visokoga obrazovanja, koju je Katolička Crkva ostavila u hrvatskome biću. 4. listopada 2010. svečano je obilježen početak prve akademske godine i nastave na Studiju povijesti HKS-a, smještenoga u prostorijama nekadašnjega vojnoga učilišta na zagrebačkom Črnomercu.
U Zagrebu djeluje Fakultet filozofije i religijskih znanosti koji vodi Družba Isusova, a koji je od 2015. godine u sastavu Sveučilišta u Zagrebu, kao punopravne sastavnice.
Visoka teološko-katehetska škola u Zadru utemeljena je 1992. Dekretom Kongregacije za katolički odgoj iz 2002. potvrđen je Statut škole, kojim se određuje da je Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu sponzor Visoke teološko-katehetske škole.
Od 1991. godine u Puli djeluje Biskupijsko misijsko neokatekumensko sjemenište unutar kojega od 1993. godine postoji i Visoka teološka škola.
U Republici Hrvatskoj djeluje dvanaest (12) crkvenih gimnazija:
- Nadbiskupska klasična gimnazija u Zagrebu
- Nadbiskupska klasična gimnazija u Splitu
- Pazinski kolegij – Klasična gimnazija u Pazinu
- Klasična gimnazija Ivana Pavla II. u Zadru
- Biskupijska klasična gimnazija Ruđera Boškovića u Dubrovniku
- Franjevačka klasična gimnazija u Sinju
- Salezijanska klasična gimnazija u Rijec
- Klasična gimnazija fra Marijana Lanosovića u Slavonskom Brodu
- Isusovačka klasična gimnazija u Osijeku
- Ženska opća gimnazija Družbe sestara milosrdnica u Zagrebu
- Katolička gimnazija u Požegi
- Katolička klasična gimnazija u Virovitici
U Hrvatskoj djeluje jedanaest (11) katoličkih osnovnih škola. Od 2008. godine u Šibeniku djeluje prva Katolička osnovna škola. 2009. godine i u Požegi je osnovana Katolička osnovna škola. 2013. godine započela je s radom Prva katolička osnovna škola u Zagrebu. 2014. u Varaždinu je osnovana i počela s radom Katolička osnovna škola sv. Uršule, a iste godine u Zagrebu je otvorena Salezijanska osnovna škola na Jarunu. 2015. godine započele su s radom katoličke osnovne škole: u Virovitici, Katolička osnovna škola “Josip Pavlišić” u Rijeci i Osnovna škola Ružičnjak. Osnovna škola Lotrščak osnovana je 2016. U Novskoj je katolička osnovna škola počela djelovati 2017. Katolička osnovna škola “Ivo Mašina” u Zadru započela je s radom 2018.